Ko so minili časi poganstva, ko je krščanstvo prenehalo preganjati in je bilo priznano kot svetovna religija, se je zdelo, da je treba vse razlike razrešiti. Toda včasih so lahko samo ekumenski koncili razrešili nastajajoče konflikte, ovrgli heretične nauke - miru ni bilo niti znotraj Cerkve.
Prvi ekumenski koncil je bil koncil v Nikeji, sklican leta 325. Razlog za to je bil razširjen nauk aleksandrijskega prezbitera Arija. Njegovo bistvo je bilo zanikati istovetnost med Bogom Očetom in Bogom Sinom. Trdil je, da je Jezusa Kristusa ustvaril Gospod, vendar ni njegova inkarnacija. Takšna ideja je temeljito ovrgla vse dogme krščanstva, zato je krajevni svet sprva Arijev nauk zavrnil. Vendar je ponosni prezbiter zavrnil priznanje koncila za legitimno in je še naprej pridobival vernike.
Takrat je cesar Konstantin povabil škofe z vsega sveta na ekumenski koncil v majhnem mestu Nikeja (sedaj se imenuje Iznik in se nahaja na ozemlju sodobne Turčije). Nekateri od prisotnih predstavnikov Cerkve so imeli na svojih telesih sledi mučenja,prejel v imenu pravega krščanstva. Prisotni so bili tudi škofje, ki so podpirali Arija.
Razprava je trajala več kot dva meseca. V tem času je bilo veliko razprav, govorov filozofov, pojasnil teoloških formulacij. Kot pripoveduje legenda, je manifestacija božanskega čudeža končala prepir. Kot enotnost treh principov je dal primer glinene črepe: voda, ogenj, glina dajejo eno samo celoto. Prav tako je Sveta Trojica v bistvu en Bog. Po njegovem govoru se je iz drobnice pojavil ogenj, pojavila se je voda in nastala je glina. Po takem čudežu je nicejski koncil končno zavrnil lažni Arijev nauk, ga izobčil iz Cerkve, odobril veroizpoved in vzpostavil 20 pravil cerkvene discipline, določil datum praznovanja velike noči.
Toda ta cerkveni svet tega vprašanja ni končal. Polemika se je nadaljevala zelo dolgo. Tudi zdaj se še vedno sliši njihov odmev – arijanstvo je bilo osnova naukov Jehovovih prič.
Poleg koncila iz leta 325 je bil tudi drugi nikejski koncil, ki ga je leta 787 sklicala carigradska cesarica Irene. Njegov namen je bil odpraviti takratni ikonoklazem. Pravzaprav je cesarica dvakrat poskušala sklicati ekumenski koncil. Toda leta 786 so stražarji, ki so podpirali ikonoklaste, vdrli v tempelj svetih apostolov v Carigradu, kjer je koncil začel delovati. Sveti očetje so se morali razkropiti.
Ko se je zatekla k precejšnjim zvijačem, razpustitvi stare garde, novačenju novih vojakov, je Irina kljub temu sklicala katedralo v787, vendar ga je preselil iz Carigrada v Nikejo. Njegovo delo je trajalo mesec dni, po njegovih rezultatih je bilo obnovljeno čaščenje ikon, dovoljene so bile v cerkvah.
Vendar tudi ta Nikejski koncil ni uspel v celoti doseči svojega cilja. Ikonoklazem je še naprej obstajal. Ikonoklastsko gibanje je bilo dokončno poraženo šele leta 843 na koncilu v Konstantinoplu.
